Изменять стандартный js шарепоинта, отвечающий за отрисовку меню не надо - это верх глупости. Некоторые функционал из core.js можно дополнить определив собственные функции с префиксом Custom_.
Например в core.js есть стандартная функция AddListMenuItems которая отвечает за формирование менюшки айтема. В начале данной функции можно увидеть следующее:
if (typeof(Custom_AddListMenuItems) !="undefined") {
if (Custom_AddListMenuItems(m, ctx))
return;
}
Т.е. можно определить свою функцию Custom_AddListMenuItems, которая будет добавлять собственные пункты меню. На счет скрытия менюшек пока точно сказать не могу.